โรงเรียนวัดหนองดี ตั้งอยู่เลขที่ 137 หมู่ที่ 1 ตำบลทุ่งสง อำเภอนาบอน จังหวัดนครศรีธรรมราช เปิดทำการสอนเมื่อวันที่ 18 ตุลาคม 2477  โดยใช้ศาลาวัดหนองดีเป็นสถานที่เรียน ต่อมาปี 2482 นายหมึก จันทน์ดี และนายแก้ว ชัยวิชิต อุทิศที่ดินสร้างอาคารเรียน ตามเอกสารรับรองการทำประโยชน์ นส.3ก เลขที่ 400 สารบบ เลขที่ 45 หน้า 39 เนื้อที่ 8 ไร่ 12 ตารางวา และขึ้นทะเบียนเป็นที่ราชพัสดุแล้ว

          การก่อสร้างอาคาเรียนครั้งแรก นายชุ่ม ชนะณรงค์ ศึกษาธิการอำเภอทุ่งสง ได้มอบหมายให้นายหมึก จันทร์ดี ครูใหญ่ เป็นผู้ดำเนินการก่อสร้างในวงเงิน 600 บาท ครั้งที่ 2 จำนวนเงิน 3,180 บาท ครั้งที่ จำนวนเงิน 3,570 บาท ครั้งสุดท้าย เมื่อ พ.ศ. 2501 อีก 1,000 บาท รวมเป็นเงินของทางราชการทั้งหมด 8,350 บาท ต่อมาประชาชน ในหมู่ที่ 1 และ 2 และบริเวณใกล้เคียงได้บริจาคสมทบอีก เป็นเงิน 18,640 บาท ก่อสร้างแต่งยังคงค้าง ฝ้า เพดาน พื้นคอนกรีต และฝากั้นห้อง

          การจัดชั้นเรียนได้เปลี่ยนแปลงตามยุคตามสมัย ในปี พ.ศ. 2490 มีชั้น ป.1-ป.4 พ.ศ. 2518 ได้ขายชั้นเรียนถึงประถมปลาย และประชาชนได้ร่วมกันก่อสร้างอาคารเรียนแบบ ป1ก ขนาด 3 ห้องเรียน โดยทางราชการจัดสรรงบประมาณเพิ่มเติม 120,000 บาท จนอาคารแล้วเสร็จ และได้เปิดใช้จนถึงปัจจุบัน

          มิถุนายน 2517 อาคารเรียนหลังเก่า 3 ห้องเรียน ได้ประสบภัยธรรมชาติ ทำให้อาคาได้รับความเสียหาย นายบุญเปรียบ  พิทักษ์วงศ์ ได้รายงานให้ทางราชการทราบ ทางราชการได้จัดสรรงบประมาณ เพื่อสร้างอาคารเรียนแบบ ป1ก ขนาด 5 ห้องเรียน วงเงิน 225,000 บาท ในปี พ.ศ. 2518 (20 พฤศจิกายน 2518)

          ปี 2520  ทางราชการจัดสรรงบประมาณต่อเติมอาคารเรียน 1 ห้อง

          ปี 2521 เดือนพฤศจิกายน ได้รื้อถอนอาคาเรียนหลังเก่า โดยความเห็นชอบของคณะกรรมการศึกษาโรงเรียน โดยจ้างเหมารื้อถอน 2,200 บาท

          1 มีนาคม 2503 นายหมึก จันทน์ดี ครูใหญ่ได้ลาออกจากราชการ ทางราชการได้แต่งตั้งนายประพันธ์  จันทน์ดี ครูในโรงเรียนรักษาราชการในตำแหน่งครูใหญ่ไปดำรงตำแหน่งครูโรงเรียนบ้านไสยูงปัก จึงมอบหมาย นายบุญเปรียบ พิทักษ์วงศ์ ครูโรงเรียนนี้ รักษาราชการในตำแหน่งครูใหญ่ ตั้งแต่วันที่ 8 มิถุนายน พ.ศ. 2507 เป็นต้นมา

          พ.ศ. 2519 ได้รับงบประมาณ 240,000 บาท ก่อสร้างอาคารเรียน แบบ ป1ก ขนาด 3 ห้องเรียน และก่อสร้างส้มแบบ 601 จำนวน 1 หลัง 2 ที่นั่ง วงเงิน 8,000 บาท

          พ.ศ. 2522 ได้รับงบประมาณ 10,000 บาท ก่อสร้างโรงฝึกงาน

          พ.ศ. 2525 นายบุญเปรียบ พิทักษ์วงศ์ ย้ายไปดำรงตำแหน่งครูใหญ่โรงเรียนบ้านหนองยาง และนายสุจินต์ สุขสม ย้ายมาดำรงตำแหน่งครูใหญ่แทน และยกระดับเป็นตำแหน่งอาจารย์ใหญ่ในเวลาต่อมา

          พ.ศ.2526 นายองอาจ  สุดสาย  ย้ายมาดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่

          การพัฒนาการศึกษาในช่วงนี้ได้ก่อสร้างสนามบาสเก็ตบอล โดยงบสนับสนุนของสมาชิกสภาผู้แทนราษฎร งานสาธารณสุข ก่อสร้างถังเก็บน้ำฝน แบบ ฝ.33 1 ที่ 3 ถัง และคณะครู กรรมการโรงเรียน ผู้ปกครองได้จัดหาทุนสร้างรั้วโรงเรียน(คอนกรีต) ทางทิศเหนือ ทิศตะวันออก และทิศตะวันตก สำเร็จเมื่อ พ.ศ. 2534 ในปีเดียวกันได้รับงบสนับสนุนจากสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรสร้างประปาโรงเรียนตามแบบแปลนของสำนักงานสาธารณสุข

          พ.ศ. 2533 โรงเรียนจัดการเรียนการสอนตามหลักสูตร พ.ศ. 2521 ฉบับปรับปรุง 2533 และได้รับการคัดเลือกจากกรมวิชาการให้อยู่ในโครงการพัฒนาการใช้หลักสูตร โดยทำการสอนตั้งแต่ชั้นเด็กเล็กถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6

          พ.ศ. 2537 นายองอาจ  สุดสาย อาจารย์ใหญ่ย้ายไปดำรงตำแหน่งที่อื่น ทางราชการได้ย้าย นายจรัส  เชาว์ภาษี มาดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่แทน

          พ.ศ. 2538  โรงเรียนได้รับการคัดเลือกให้เป็นโรงเรียนในโครงการ กศ.พช. จัดสร้างตู้เชื่อมโลหะ สว่าน หินเจีย พร้อมวัสดุ และส่งเสริมวิชาชีพแก่นักเรียน งบประมาณ 12,000 บาท

          การศึกษานอกโรงเรียนได้ใช้สถานที่ของโรงเรียน เป็นศูนย์พบปะนักศึกษา โดยมีครู-อาจารย์ ได้เข้ารับการอบรมโครงการศึกษาทางไกลผ่านดาวเทียม และมีการติดตั้งจานดาวเทียมพร้อมอุปกรณ์ในปี พ.ศ. 2539

          พ.ศ. 2538 นายจรัส  เชาว์ภาษี ได้ย้ายไปดำรงตำแหน่งที่อื่น

          พ.ศ. 2539 ได้ขออนุญาตรื้อถอนบ้านพักครู

          พ.ศ. 2541  ได้ดำเนินการรื้อถอนอาคารเรียน ป 1ก    3 ห้องเรียน

          พ.ศ.  2542  ได้ดำเนินการรื้อถอนส้วม แบบ สปช. 601 จำนวน 2 หลัง และดำเนินการสร้างส้วมมิยาซาวา แบบ สปช.601 2 ที่นั่ง  1 หลัง และก่อสร้างป้ายชื่อโรงเรียน โดยมีคุณแม่มะลิ  ชำนาญกิจ  เป็นผู้สนับสนุน

          พ.ศ. 2553 นายสมภาษณ์  จงจิต ย้ายไปดำรงตำแหน่งที่อื่น นายประทีป  แก้วมณี  รักษาราชการแทน

          พ.ศ.  2544  นายสุรพงศ์  คเชนทร์มาศ  มาดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่

          พ.ศ.  2549  นายสุรพงศ์  คเชนทร์มาศ  ย้ายไปดำรงตำแหน่งที่อื่น ทางราชการได้ย้าย นายสมภาษณ์  จงจิต มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน  ได้ปรับปรุงก่อสร้างส้วม จำนวน 1 หลัง 3 ที่นั่ง จากการได้รับงบประมาณการระดมทุน

          พ.ศ.  2552  ได้รับงบประมาณ 336,000 บาท ในการก่อสร้างส้วมนักเรียนหญิง /49 จำนวน 4 ที่  1 หลัง

          ตุลาคม 2553 นายสมภาษณ์  จงจิต ได้ย้ายไปดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านปากน้ำ และทางราชการได้แต่งตั้ง นายวัชระ  อธิคมานนท์ มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนนี้จนถึงปัจจุบัน

          พ.ศ.  2555  โรงเรียนได้จัดสร้างอาคารห้องสมุด ขนาด 6Í9 เมตร จำนวน 1 หลัง โดยได้รับการสนับสนุนปัจจัยจากอาจารย์ศรีหทัย  ชิดสิน ข้าราชการบำนาญ ศูนย์การศึกษานอกโรงเรียนกาญจนภิเษก วิทยาลัยในวัง กรมการศึกษานอกโรงเรียน จำนวน 600,000 บาท และคณะครู/นักเรียน ผู้ปกครอง ชุมชน และผู้มีจิตศรัทธาร่วมบริจาค จำนวน 100,000 กว่าบาท